Każda z pergoli musi być zainstalowana w sposób umożliwiający odprowadzenie wody opadowej. Większość pergoli jednocześnie stanowi doskonale zabepiecznie przed opadami i może z powodzeniem być w tym celu wykorzystywana, na przykład w gastronomii.

W zależności od typu pergoli odprowadzenie wody realizowane jest na różne sposoby i z różną skutecznością.

Pergole lamelowe (bioklimatyczne) wymagają bardzo niewielkiego stopnia pochyłu lameli (trudno zauważalnego dla postronnego obserwatora). Woda odprowadzana jest rynnami w konstrukcji i słupami w uporządkowany sposób w dół.

Szczelność konstrukcji jest nieomal całkowita. Zachowane są proste kąty pomiędzy słupami a górnymi profilami pergoli.

Pergole segmentowe wymagają niewielkiego kąta pochylenia poszycia celem odprowadzenia wody od budynku. W większości przypadków woda kierowana jest do rynny pomiędzy przednimi słupami (opcja) i odprowadzana nimi w dół. Kąt pochyłu pergoli umożliwiający odpływ wody wynosi około 8 stopni.

W przypadku pergoli lekkiej woda zbiera się w obniżeniach tkaniny. Ponieważ poszycie jest lekko przechylone na bok, za pomocą podwieszeń o różnej długości, woda wydostaje się w kierunku obniżenia. W przypadku pergoli rozsuwanych od budynku woda zrzucana jest na lewą bądź prawą stronę. W suwania pergoli poprzecznie do budynku odprowadzenie wody może zostać wykonane w kierunku od budynku. W zależności od rodzaju użytej tkaniny i szerokości poszycia pergola ma różną odporność na opady. Odpływ wody w porówaniu do innych typów pergoli może w tym rozwiązaniu nie być tak skuteczny.

Ciekawe rozwiązanie odpływu wody zostało zastosowane w pergoli Markilux 210.W odróżnieniu do innych pergoli rolowanych znacznie obniżono tutaj wymagania dotyczące kąta pochyłu pergoli, stosując słup z możliwością ręcznego pochyłu jednego punktu pergoli. Znacznie ułatwia to odprowadzenie wody i powoduje, iż montaż tej markizy można wykonać z mniejszym niż zazwyczaj (16 stopni) pochyłem. Belkę przednią pergoli Markilux 210 można ustawić w poziomie, lub za pomocą korby w słupie pochylić ją na jedną stronę.